Zentrale Organisationsstrukturen des ZHMB sind der Zentrumsrat (mit analogen Gremien wie bei Fakultätsräten) sowie die kollegiale Zentrumsleitung, der je ein Hochschullehrer beider Mutterfakultäten angehört. Die Leitung des Zentrums besteht aus einem Geschäftsführer und einem Stellvertreter, der zugleich die Aufgaben eines ZHMB eigenen Studiendekans wahrnimmt. Mitglieder des ZHMB sind die unmittelbar am Studiengang Biologie beteiligten Professorinnen und Professoren beider Fakultäten sowie jeweils ein Vertreter der Fachrichtungen der Medizinischen Fakultät, die über eine der sechs Nachwuchsgruppen/Juniorprofessuren an den Studiengängen mitwirken (Biophysik, Medizinische Biochemie & Molekularbiologie, Humangenetik, Pharmakologie & Toxikologie, Physiologie sowie Virologie & Immunologie).
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